La lucha contra el spam ayuda en la búsqueda de vacuna contra el VIH
Ayudar a resolver algunos de los más urgentes retos globales es un punto muy importante en la agenda de Microsoft Research (MSR) – y a través de su experiencia, conocimientos, asociaciones y el poder del software que pueden ayudar a resolverlos. En el caso de la búsqueda de una vacuna para el VIH, se trata de la aplicación de cómputo de alto poder, que lucha contra el VIH a través de datos y, sorprendentemente, con la experiencia de Microsoft Research para construir filtros de correo spam para encontrar una solución.
Más de 1.8 millones de personas mueren por causas relacionadas con el VIH cada año – aproximadamente 5 mil muertes por día. Uno de los retos más grandes en la lucha contra el VIH es que el virus muta constantemente para evitar ataques por parte del sistema inmunológico – puede cambiar tanto en una persona infectada como ha cambiado el virus de la influenza en toda su historia. Esto vuelve extremadamente difícil analizar de manera precisa el virus y desarrollar terapias que ataquen sus elusivos puntos débiles. Cada mutación significa otra variable por identificar y entender. Para complicar aún más las cosas, la respuesta inmune de cada individuo varía de manera importante; el sistema inmune de algunas personas es capaz de combatir el virus, lo que les permite vivir por años sin ningún tipo de tratamiento, mientras que otros se enferman más rápido debido a que su cuerpo no puede resistir el ataque del virus.
Como sucede con muchos proyectos de Microsoft Research, este trabajo se lleva a cabo en conjunto con muchos otros expertos en el campo. Las pruebas de una vacuna en Durban, Sudáfrica, son lideradas por Bruce Walker, del Instituto Ragon del Hospital General de Massachusetts, MIT y Harvard, y un profesor de medicina de la Universidad de KwaZulu-Natal. Ellos se reunieron gracias al Centro para el SIDA del Programa de Investigación en Sudáfrica y el Instituto de Investigación para la Tuberculosis y el VIH de KwaZulu-Natal. Este programa de prueba genera grandes cantidades de datos, cuyo análisis representa un gran reto.
Ahí es donde David Heckerman y Jonathan Carlson de Microsoft Research junto con una herramienta llamada PhyloD de Microsoft Computational Biology Tool entran en acción. Este software permite una minería de datos eficiente que después lleva a un análisis de cada célula que ayuda a detallar los patrones del virus para un análisis posterior. PhyloD cuenta con algoritmos, códigos y herramientas de visualización que realizan complejos patrones de reconocimiento y análisis – que permiten a Heckerman y sus colegas a aprender cómo diferentes sistemas inmunológicos responden a las mutaciones del virus.
Generalmente, el poder del cómputo requerido para procesar el número de variables y posibles correlaciones tomaría años, pero al combinar la herramienta PhyloD con el centro de cómputo de alto desempeño de Microsoft, este trabajo puede realizarse en horas. Los grupos están divididos en dos, uno liderado por Christian Brander en Barcelona y el otro, bajo el mando de Paul Goepfert de la Universidad de Alabama, Heckerman y su equipo han descubierto aproximadamente seis veces más puntos de posible ataque contra el virus de VIH que los que han sido previamente identificados.
“Cuando conocimos a Bruce, se nos presentó un problema muy complicado para analizar” , recuerda David Heckerman. “Él tenía este gran conjunto de datos pero no sabía cómo analizarlo. Resultó que teníamos justo el algoritmo correcto para eso y un gran banco de computadoras en Microsoft que podía realizar ese cómputo masivo. Nos presentó el problema un viernes. El lunes, teníamos un análisis completo para él”.
Lo más fascinante sobre este trabajo es que se construye sobre el trabajo previo que Heckerman realizó para construir un filtro para correo spam. Los mismos principios que se utilizan para combatir el spam en Hotmail, Outlook y Exchange se utilizaron para combatir el VIH. Resulta que existen muchas similitudes entre la forma en que los spammers evolucionan sus técnicas para evitar los filtros y la forma en que el virus VIH muta.
La emoción diaria en la industria, a través de nuevos dispositivos y software que son lanzados cada semana, es un trabajo que resulta inspirador. Como Bruce Walker comenta,
“todo lo que aprendemos aquí es aplicable no sólo para el VIH, también para el cáncer de mama y de próstata - y al final, cambiará la forma en que se practica la medicina”.
El ritmo y la emoción de nuestra industria y el papel que juega Microsoft en esto, es algo motivante y es también reconfortante saber que una compañía aplica el conocimiento de su gente y su tecnología a resolver retos globales como ese y busca cambiar de la mejor manera el mundo con el poder del software.
Pueden leer más sobre este trabajo en el sitio de Microsoft Research y su cobertura en Techmeme.