SCCM 2007 R2 pode ser instalado no Windows Server 2008 SP2 ?

Não !!!

O SCCM (System Center Configuration Manager) R2 só poderá ser instalado no Windows Server 2008 com SP2 após a liberação do SP2 do SCCM, que está previsto para ser lançado 90 dias após o lançamento do Windows 7, ou seja, no final do último trimestre de 2009.

O SP2 do SCCM terá várias novidades, entre elas:

1) Suporte aos novos sistemas operacionais, como Windows 2008 R2 e Windows 7;
2) OSD (Operational System Deployment) para Windows 7;
3) Suporte nativo a Intel vPro;
4) Novos reports de consumo de energia e emissão de CO2;

 A versão beta do SP2 do SCCM está disponível em https://connect.microsoft.com, mas deve ser usada somente em laboratório, pois não há garantia de upgrade da versão beta para a versão RTM no SP2.

Nota: O SCCM 2007 R2 não é um produto completo e sim uma atualizãção do SCCM 2007 SP1.

Complementando após os comentários do Cleber:

O servidor SCCM 2007 R2 realmente só pode ser instalado em Windows Server 2008 (sem SP2). O que há de novo é que o SCCM 2007 R2, suporta clientes Windows 2008 SP2 com algumas atualizações conforme detalhado em:  https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=154922, ou seja, se você tiver alguns servidores Windows Server 2008 com SP2 eles funcionarão perfeitamente no seu ambiente SCCM 2007 R2.

Mais detalhes em: https://technet.microsoft.com/en-us/library/cc161851.aspx

Cleber Marques, obrigado pelos comentários:

Compatibilidade com Windows 7 e Windows Server 2008 R2:

Para compatibilizar o agente (cliente) do SCCM 2007 R2 com Windows 7 e Windows Server 2008 R2 é necessário atualizar o SCCM 2007 R2 conforme link: https://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;974236&sd=rss&spid=12769. Importante: Este update não atualiza o OSD do SCCM para fazer deployment do Windows 7, este módulo só será atualizado com o SP2 do SCCM.

Compatibiliadde com Windows Vista SP2 e Windows Server 2008 SP2:

Para compatibilizar o módulo OSD do SCCM 2007 R2 para fazer deployment de Windows Vista SP2 e Windows Server 2008 SP2 é necessário atualizar o SCCM 2007 R2 conforme link: https://support.microsoft.com/kb/970093/en-us